Génomicien.ne spécialiste des Eléments Transposables

AGAP institut s'est donnée pour ambition de répondre aux grands enjeux de l'agriculture méditerranéenne et tropicale en mettant en œuvre des recherches et des compétences pour une meilleure sécurité alimentaire, favoriser la durabilité des agro-systèmes, réduire leur vulnérabilité face aux changements globaux, et promouvoir la transition agroécologique.
Face au changement climatique, comprendre les déterminants génétiques de la résilience en vue de développer de nouvelles variétés productives en conditions de croissance suboptimales est impératif. Les éléments transposables (ET), jouent un rôle important dans l'adaptation des plantes au changement climatique. Ils sont particulièrement présents chez les plantes à multiplication clonale et/ou polyploïdes (cas des ignames, agrumes, bananiers, etc.). Leur détection, la détermination de leur rôle sur le phénotype et leur exploitation dans les programmes d'amélioration constituera un levier d'importance vers l'accélération du gain génétique.

Le profil souhaité est celui de génomicien.ne, avec une bonne compétence sur les éléments transposables :

- Thèse de Doctorat dans le domaine de la génomique.
- Une expérience avérée sur les éléments transposables.
- Excellente maîtrise de la manipulation de données NGS.
- Excellente maîtrise de la bio-informatique
- Très bonne pratique de l'anglais écrit et oral et maîtrise du français souhaitée
- Capacité avérée à l'écriture scientifique
- Pratique de gestion des données FAIR (compétences en PGD, partage de scripts, travail collaboratif)
- Expérience de montage de projets appréciée
- Forte motivation pour travailler en équipe et en interdisciplinarité.
- Forte appétence pour l'interculturalité et la co-construction avec des partenaires du.des sud.s
- Aptitude à construire et à conduire des collaborations avec des partenaires du développement et de la recherche
- Mobilité possible via des missions chez les partenaires et, selon projets et à plus long terme, possibilité d'une affectation au sud de plus longue durée.
- Formation et encadrement d'étudiants et de partenaires

Contraintes du poste

Travail sur écran + 4h

Salaire base France, hors indemnités d'expatriation le cas échéant

27-37 K€

Localisation du poste

France

Précision sur la localisation (DR, ville)

Montpellier

Dans ce contexte, le Cirad recrute au sein de l'UMR AGAP institut un.e chercheur.se génomicien.ne, spécialiste des éléments transposables.

A ce poste vos compétences seront mises au service des équipes travaillant sur les plantes à multiplication végétative, et seront mobilisées en premier lieu sur l'igname, dont l'amélioration se heurte à ses spécificités biologiques : polyploïdie, variations structurales et clonalité. Vous aurez pour mission :
- de développer des recherches sur la contribution des ET à la plasticité phénotypique et leur utilisation comme marqueurs génétiques pour la tolérance aux stress abiotiques, y compris dans le contexte de variations somaclonales et/ou polyploïdie,
- de découvrir de nouveaux gènes et de nouvelles voies de signalisation impliqués dans la réponse au stress abiotique en étudiant l'impact des ET sur la structure et la régulation des génomes à l'échelle intra et inter-spécifique et dans le contexte de polyploïdies,
- de collaborer avec les généticiens-sélectionneurs pour les aider à mobiliser les connaissances acquises sur les ET dans nos travaux d'amélioration génétique et ceux de nos partenaires en particulier en Afrique.

Vous serez rattaché.e à 80% à l'équipe Déterminisme, Expression et Fonctionnement des traits d'intérêt chez l'Igname (DEFI) où vos travaux s'inscriront dans les projets actuels (Fondation Gates, Feder, Feader et Interreg) et ceux en cours de montage. Vous serez rattaché.e à 20% à la plateforme de bioinformatique afin d'appuyer les recherches sur les ET dans l'unité, notamment chez les autres plantes polyploïdes à multiplication végétative. Dans ce cadre, vous ferez le lien entre le pôle d'expertise en génomique de l'unité et le groupe d'animation transversal sur l'épigénétique,
Vous établirez des collaborations avec les équipes (inter)nationales travaillant sur les ET.