Ingénieur de recherche en calcul Scientifique

Vous souhaitez participer à un projet innovant en recherche cardiaque ?

Rejoignez l'Institut des Maladies du Rythme Cardiaque (IHU Liryc), de l'Université de Bordeaux ! Le Liryc est organisé en équipes de recherche clinique qui travaillent en étroite collaboration avec des équipes de sciences fondamentales. Son objectif est d’offrir une plateforme de recherche médicale unique ainsi qu’un pôle de formation accueillant des étudiants et chercheurs du monde entier.

Au sein de l’équipe Carmen qui fait partie du Pôle Modélisation, nous concevons et analysons de nouveaux modèles numériques pour simuler l’activité électrique et mécanique du cœur.

En étroite collaboration avec l’Inria, et dans le cadre du projet européen SimCardioTest, nous recrutons un∙e Ingénieur∙e de recherche en calcul scientifique.

Votre mission consistera à analyser et améliorer l’efficacité du code de calcul (CEPS – Cardiac Electrophysiology Solver). C’est un outil de simulation numérique de modèles en électrophysiologie cardiaque. Il est central pour l’équipe projet Carmen qui l’utilise pour développer des méthodes numériques et des modèles physiques. CEPS est un code de calcul parallèle (MPI) qui résout des équations aux dérivés partielles par la méthode des éléments finis et des schémas en temps spécifiques au domaine de l’électrophysiologie cardiaque.

Les défauts de CEPS n’ont pas toutes été identifiées. Nous avons déjà listé :

• la dépendance à la bibliothèque PETSc comme un point critique pour la performance et la flexibilité de l’API de CEPS
• le partitionnement des maillages, réalisé avec SCOTCH devra être audité
• les entrées et sorties

# Etat des lieux et amélioration de l’outil

• Vous réalisez un bilan de performances de CEPS sur un exemple d’utilisation physique
• Vous participez aux réflexions sur les solutions d’amélioration

# Programmation

• Vous analysez et profilez le code CEPS
• Vous optimisez le code en C++
• Vous vous assurez de la maintenabilité du code (tests, documentation, …)
• Vous identifiez et intégrez un solver alternatif à PETSc

Titulaire d’un diplôme d’Ingénieur ou de Master en Calcul de Haute Performance, Calcul Scientifiques, vous avez idéalement effectué au moins un stage sur ce thème.

• Vous êtes à l’aise en travail d’équipe
• Vous faites preuve de bonnes capacités d’analyse et êtes capable de formuler des solutions techniques
• Vous maîtrisez le langage C++ et la programmation MPI
• Vous connaissez les bonnes pratiques de programmation (Git, intégration, test)

Vous vous reconnaissez ? Postulez-vite !