Ingénieur de recherche en bio-informatique appliqué à l’archéo-génétique F/H

L’Université de Bordeaux est une grande université dynamique, responsable, attentive au bien-être de ses personnels. La rejoindre, c’est travailler dans un cadre privilégié au sein d’une communauté professionnelle particulièrement diverse et ouverte, en bénéficiant de dispositifs d’accueil et d’inclusion, de formation et de mobilité interne. C’est participer à une aventure académique, scientifique et humaine. C’est s’engager à relever les défis du XXIe siècle.

Rejoignez le laboratoire De la Préhistoire à l’Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie (PACEA) – de l’Université de Bordeaux !

PACEA est une unité mixte de recherche rattachée au CNRS (Écologie[CS1]  & Environnement), à l’université de Bordeaux et au Ministère de la Culture. A l’interface des sciences biologiques, environnementales et humaines, ses travaux abordent des grandes questions relatives aux facteurs qui ont façonné l’humanité, qui ont conduit nos ancêtres à s’installer sur tous les continents grâce à des facultés adaptatives dont nous explorons la diversité.

Dans le cadre du Grand Programme de Recherche (GPR) Human Past, nous recrutons un Ingénieur de recherche en bio-informatique appliqué à l’archéogénétique F/H.

« Human Past » a pour but de documenter, de caractériser et de comprendre les points de bascule qui ont induit des changements biologiques et culturels cruciaux dans les populations du passé. Couvrant une large période chronologique allant de la Préhistoire aux périodes historiques, notre recherche vise à identifier les étapes qui ont permis à un primate originellement adapté à des écosystèmes africains d’évoluer en une espèce qui occupe et impacte chaque écosystème de la planète. Les systèmes biologiques et culturels seront examinés à différentes échelles, en utilisant diverses perspectives, avec une attention particulière portée à la variation phénotypique et génétique, la cognition, la technologie, l’organisation sociale, les systèmes de croyances, et les stratégies d’adaptation génétiques et culturelles qui gouvernent les sociétés humaines.

 [CS1]

Titulaire d’un Doctorat en Paléogénomique ou en Bio-informatique, vous avez des connaissances en anthropologie, archéologie, génétique, biologie moléculaire, génomique computationnelle. Vous avez une expérience en analyse des IBD (Iidentical-By-Descent) et en théorie des graphes.

• Vous êtes autonome dans vos travaux et savez travailler en pluridisciplinarité
• Vous êtes à l’aise avec Linux, Shell Bash, Python en particulier les bibliothèques Pandas, NumPy et NetworkX
• La connaissance des logiciels Gephi ou Cytoscape serait un atout notamment pour le partage et la visualisation de graphes avec des collaborateurs
• En paléogénomique, une maîtrise des outils HaploGrep, pathPhynder ou Yleaf pour l’analyse des marqueurs uniparentaux serait appréciée
• Une expérience avec ATLAS et GLIMPSE pour l’imputation, ainsi qu’avec ancIBD, constituerait également un avantage

Vous vous reconnaissez ? Postulez-vite !

L’objectif de cette mission sera de développer une approche méthodologique novatrice, permettant la construction de graphes intégrés combinant données culturelles et biologiques, afin de mieux caractériser les dynamiques de diffusion culturelle versus les dynamiques démographiques au cours de l’évolution des populations humaines. Les méthodes développées seront appliquées à divers contextes géo-chrono-culturels ciblés par les chercheurs du GPR Human Past.

Le projet s'inscrit parfaitement dans les objectifs du WP1-Action 3 du GPR Human Past qui propose de démêler les rôles respectifs / combinés des "facteurs environnementaux et socioculturels affectant la variation génétique et phénotypique" des populations humaines.

• Vous développez des méthodes de graphes bio-informatiques
• Vous proposez leur application aux recherches des membres du GPR
• Vous contribuez à la valorisation des travaux par la rédaction d’articles scientifiques